宇宙移住計画を実行するために地球を旅立ったコヴェナント号は、コールドスリープ中の男女2000人を乗せ、植民地となる惑星を目指していた。船を管理するのは、最新型アンドロイドのウォルターだ。ところがアクシデントが発生し、数十人が命を落としてしまう。

乗組員が修復作業を行うなか、謎の電波を受信したコヴェナント号は、航路を変更し電波発信元の惑星に向かう。小型船でダニエルズ、ウォルターを加えた調査隊が降り立ち探索してみると、その惑星は目的地よりもはるかに地球の環境に似ていた。

やがて調査隊の一人が体調の異変を訴え、小型船の医療スペースに運び込まれる。激しく身をよじらせる隊員の背中からエイリアンの幼体が出現。乗組員たちが銃器で応戦したため船は大破してしまう。

もはや絶体絶命の調査隊の前に現れたのは、ウォルターの前世代のアンドロイド、デヴィッドだった。彼は救世主か、それとも敵なのか。デヴィッドと行動を共にすることになったダニエルズはこの惑星に隠された恐るべき秘密を知るのだった…。